ภายหลังได้รับใบรับรองผู้ดำเนินการเดินอากาศจากสำนักงานคณะกรรมการการบินออสเตรีย ยูโรวิงส์ ยุโรปเริ่มทำการบินครั้งแรกในวันที่ 23 มิถุนายน ค.ศ. 2016 จากเวียนนาสู่ อาลิกันเต[4][5] It has adopted the อัตลักษณ์องค์กรของสายการบินแม่ ยูโรวิงส์

ในเดือนกันยายน ค.ศ. 2019, เครือลุฟท์ฮันซ่าประกาศว่าออสเตรียนแอร์ไลน์จะเช่าแอร์บัส เอ320-200 จำนวนสี่ลำจากยูโรวิงส์ ยุโรปตั้งแต่ปี 2020 สายการบินยังจะดำเนินเที่ยวบินบางส่วนของออสเตรียนแอร์ไลน์ที่ดำเนินจากท่าอากาศยานซัลทซ์บวร์คและท่าอากาศยานอินส์บรุค[6] สัญญาเช่าเอ320 ทั้งสี่ลำของออสเตรียนถูกยกเลิกในเดือนเมษายน ค.ศ. 2020 หลังเกิดการระบาดทั่วของโควิด-19

ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 2019 ยูโรวิงส์ ยุโรปได้เริ่มดำเนินงานในพริสตีนาแทนสายการบินเยอรมันวิงส์[7]

ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 2021 มีการประกาศว่ายูโรวิงส์ ยุโรปจะขยายเครือข่ายในยุโรป โดยจะเริ่มดำเนินงานในท่าอากาศยานปรากตั้งแต่เดือนตุลาคม ค.ศ. 2021 โดยจะมีเครื่องบินประจำการสองลำในช่วงฤดูหนาวและสามลำในช่วงฤดูร้อน จุดหมายปลายทางในช่วงนี้ เช่น บาร์เซโลนาและมิลาน และจุดหมายปลายทางเพื่อการท่องเที่ยว เช่น แบลีแอริก กานาเรียส และเทลอาวีฟ

ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2022 ได้มีการประกาศว่ายูโรวิงส์จะย้ายการจดทะเบียนจากออสเตรียไปยังมอลตา พร้อมกันนี้ได้เปลี่ยนชื่อบริษัทจาก ยูโรวิงส์ ยุโรป เกเอ็มเบฮา เป็น บจก.ยูโรวิงส์ ยุโรป[8] การย้ายไปยังมอลตาคาดว่าจะช่วยลดภาษีและต้นทุนการดำเนินงานของสายการบิน พร้อมทั้งลดภาษีเงินได้ที่พนักงานต้องจ่าย การเปลี่ยนแปลงมีผลในวันที่ 3 พฤศจิกายน ค.ศ. 2022